Home

BioSB Conferentie 2026 – Nieuwe inzichten in bioinformatica en computationele systeembiologie

Nieuws 13 juli 2026

De 12e editie van de jaarlijkse BioSB-conferentie bracht opnieuw honderden onderzoekers, professionals uit zowel de publieke als private sector samen op het prachtige Kasteel De Berckt. Gedurende twee dagen stonden inspirerende presentaties, wetenschappelijke discussies en waardevolle ontmoetingen centraal. Als nationale expertcommunity op het gebied van bio-informatica en computationele (systeem)biologie vervult BioSB een belangrijke rol in het verbinden van onderzoekers en het stimuleren van innovatie binnen de Nederlandse levenswetenschappen.

Groepfoto van de BioSB2026 deelnemers

BioSB is een belangrijke partner van Health-RI in de gezamenlijke ambitie om data-gedreven gezondheidsonderzoek en levenswetenschappen verder te versterken. Daarnaast zet BioSB zich actief in voor de opleiding en ontwikkeling van de volgende generatie levenswetenschappers door middel van cursussen, seminars en andere educatieve activiteiten. De jaarlijkse BioSB Conferentie vormt hierbij het belangrijkste evenement, waar de nieuwste ontwikkelingen in bioinformatica, systeembiologie en aanverwante vakgebieden worden gedeeld en besproken. Met toepassingen die variëren van gezondheid en voeding tot landbouw en biotechnologie biedt de conferentie een breed overzicht van de impact van computationele wetenschap. De combinatie van hoogwaardige wetenschap en een informele, open sfeer maakt de conferentie tot een ideale omgeving voor kennisuitwisseling en het leggen van nieuwe samenwerkingen tussen academische onderzoekers, jonge talenten en vertegenwoordigers uit het bedrijfsleven.

Health-RI ondersteunt in haar rol als coördinator van TDCC-LSH BioSB bij de organisatie van de jaarlijkse BioSB conferentie. Elk jaar neemt een academische groep uit de BioSB-community de organisatie op zich en leidt deze de programmacommissie. Dit jaar was Maastricht University de organiserende partner en waren Michiel Adriaens, Martina Summer-Kutmon, Susan Steinbusch-Coort de drie voorzitters van BioSB 2026.

Digitale tweelingen, modellering en AI centraal in keynote lezingen

Keynote by dr Ines Thiele

De conferentie werd geopend met een keynote van prof. dr. Ines Thiele. Zij presenteerde haar onderzoek naar "Digital Twins" en "constraint-based computational modelling". Samen met haar onderzoeksgroep ontwikkelde zij een model waarin verschillende modellen van menselijke cellen en het microbioom worden gecombineerd. Door experimentele data te integreren kunnen deze modellen worden gepersonaliseerd om te onderzoeken hoe voeding en genetische aanleg samenhangen met gezondheid. Daarnaast besprak zij hoe "Digital Twins" kunnen worden ingezet om zeldzame erfelijke en neurodegeneratieve aandoeningen beter te begrijpen.

Prof. dr. Kirsten ten Tusscher presenteerde verschillende fases van haar onderzoek naar wortelgroei op celniveau. In haar modellen onderzoekt zij hoe auxinedynamiek in wortelpunten de snelheid en richting van groei beïnvloedt. Hierbij spelen specifieke eiwitten, zogenaamde PIN-eiwitten, een belangrijke rol. Door verschillende varianten van PIN-eiwitten in het model te integreren kan worden nagebootst hoe wortels reageren op veranderingen in hun omgeving, zoals het vermijden van zoute bodems.

De derde keynote werd verzorgd door dr. David Shorthouse en ging over de toepassing van adaptieve machine learning in de biosciences. Hij besprak hoe AI direct onderdeel kan worden van het experimentele proces. Door experimentele data continu terug te koppelen naar voorspellende modellen kunnen nieuwe experimenten worden geselecteerd in een zogenaamde ‘Make–Test–Learn’-cyclus. Ook besprak hij toepassingen in onder meer farmacologische screening en peptide-optimalisatie.

Young Investigator Award 2026

De BioSB Young Investigator Award 2026 werd toegekend aan dr. Ernestina Hauptfeld van de Universiteit Utrecht. Haar onderzoek richt zich op het begrijpen van de rol die micro-organismen kunnen spelen bij het opruimen van vervuilde omgevingen. Hiervoor maakt zij gebruik van metagenomica en bio-informatica om complexe microbiële gemeenschappen te analyseren en zo inzicht te krijgen in hun potentieel voor milieusanering.

Tijdens haar promotieonderzoek bestudeerde zij onder andere het vervuilde grondwater onder het Griftpark in Utrecht. Zij identificeerde bacteriën die betrokken zijn bij de afbraak van verontreinigingen en onderzocht hoe microbiële gemeenschappen bijdragen aan het verwijderen van deze stoffen. Daarnaast ontwikkelde zij de Read Annotation Tool (RAT), een computationele tool die helpt bij het verbeteren van annotaties en analyses van metagenomische sequentiedata.

De Young Investigator Award 2026 ceremony

Onderzoek naar single-cell en spatial omics

Tijdens de sessie over single-cell en spatial omics presenteerden verschillende onderzoekers hun recente resultaten.

Gustavo S. Jeuken introduceerde Cycle VI, een interpreteerbaar deep generative model dat variatie door de celcyclus analyseert door genexpressie op te splitsen in periodieke en niet-periodieke componenten. Het model gebruikt een Fourier decoder om het celcyclus-signaal te reconstrueren.
Ewald van Dyk presenteerde een nieuwe normalisatiemethode voor single-cell proteomicsdata. In tegenstelling tot centered log-ratio (CLR)-transformatie behoudt deze methode eiwit-eiwitinteracties.
Valentijn Tromp sprak over het belang van het begrijpen van Human Leukocyte Antigen (HLA)-allelische expressie en de relatie tussen HLA-genetica en ziekteassociaties. Hij werkt aan een pipeline voor allele-specifieke HLA Class II-expressieanalyse op single-cell niveau.
Federico Bocci presenteerde methoden om de productie en afbraak van RNA-transcripten te bestuderen.

Nieuwe methoden voor multi-omics integratie

Tijdens de conferentie waren er meerdere poster presentaties vindbaar

Verschillende sessies richtten zich op het combineren van meerdere soorten biologische data.

Sadegh Rizi, presenteerde een methode om metabolietratio’s af te leiden uit bestaande metabolomics-statistieken. Hiermee wordt geprobeerd de computationele belasting van grootschalige analyses te verminderen en nieuwe inzichten te verkrijgen in moleculaire oorzaken van ziekte.
Bram Pronk presenteerde een multi-omicsmodel gericht op minimaal invasieve tumorbelastingbepaling via bloedplasma.
Kayle Boessen besprak een methode voor multi-modale clustering waarbij verschillende omicsdatatypen worden gecombineerd om patiënten met langdurige COVID-klachten te groeperen. De methode laat zien hoe integratie van verschillende databronnen nieuwe informatie kan geven over patiëntgroepen en onderliggende moleculaire verschillen.
Timothy Ebbels presenteerde een aanpak om multi-omicsdata te combineren via pathway-annotatie. Hierbij kunnen verschillende omicslagen eerst worden samengevoegd tot pathway-scores of kunnen afzonderlijke datasets eerst worden omgezet naar pathway-scores voordat ze worden gecombineerd.

Machine learning en computationele toepassingen

Machine learning kwam in verschillende sessies terug als methode voor het analyseren van complexe biologische en medische data.

Farzaneh Parizi presenteerde onderzoek naar het voorspellen van bestaande immuniteit tegen nieuwe virussen door antigenische evolutie en immuunherkenning te bestuderen. Hierbij worden onder andere B-cel- en T-cel-antigenische kaarten gebruikt om veranderingen in immuunherkenning te analyseren.
Cunliang Geng besprak de uitdagingen rondom het opschalen van een machine-learningtoepassing voor peptide-MHC-bindingen. Hij presenteerde SwiftMHC, een tool die gericht is op het versnellen van deze berekeningen.
Jan van Elk presenteerde een methode om Protein Language Models beter interpreteerbaar te maken door eiwitrepresentaties op te splitsen in een geïnformeerde en een resterende representatie. Hierdoor kunnen voorspellingen beter worden geanalyseerd.
Daniyal Selani presenteerde een transformerarchitectuur waarin informatie over patiëntcontacten met zorgverleners wordt verwerkt. Door ook periodes zonder zorgcontact als datapunt mee te nemen, probeert het model patronen in patiënttrajecten te herkennen.
Aniek Eijpe presenteerde onderzoek waarin whole slide imaging en transcriptomics worden gecombineerd om overleving bij kanker te voorspellen. Hierbij werd aandacht besteed aan het gebruik van attention-matrices om meer inzicht te krijgen in de factoren die bijdragen aan de voorspellingen.
Yungsoo Kim presenteerde een Bayesian deconvolution network voor het analyseren van verschillende celtoestanden binnen tumoren.

Tools, infrastructuur en FAIR workflows

De Tools and Infrastructure-sessie, georganiseerd door ELIXIR-NL, richtte zich op ontwikkelingen rondom bioinformatica-tools en onderzoeksinfrastructuur.

Ana Mendes van Leiden UMC presenteerde bio.tool, waarmee levenswetenschappelijke tools kunnen worden beschreven met rijke metadata.
Rodrigo García Valiente van Amsterdam UMC presenteerde AbSolution, een tool voor immunologische data.
Denise Slenter van Maastricht University besprak werk rondom Linked Open Data voor plantmetabolisme.
Leon Mei van LUMC presenteerde ontwikkelingen binnen de FAIR-workflowcommunity en Galaxy-NL, inclusief een TDCC-LSH-project gericht op geharmoniseerde workflowontwikkeling, infrastructuur en onderwijs.

Op de conferentie waren er ook stands beschikbaar waar de deelnemers informatie konden krijgen over uiteenlopende organisaties

Microbiomen, evolutie en geneesmiddelenonderzoek

Ook onderzoek naar microbiomen, evolutionaire processen en geneesmiddelen kreeg aandacht.

Can Dedeköy presenteerde onderzoek naar het verbeteren van machine-learningmodellen voor microbiomen. Door rekening te houden met verschillen tussen studies en datasets werd onderzocht hoe modellen beter kunnen generaliseren.
Dries Heylen presenteerde een framework voor geneesmiddelenhergebruik na COVID-19 op basis van kennisgrafen. Hierbij worden bekende relaties tussen ziekten en behandelingen gebruikt om mogelijke nieuwe toepassingen van bestaande geneesmiddelen te voorspellen.
Niccolò Bianchi presenteerde onderzoek naar het gebruik van semantisch correcte negatieve voorbeelden voor modellen die geneesmiddel-ziekte-relaties voorspellen, met een toepassing op de ziekte van Huntington.
Charlotte Adang presenteerde onderzoek naar de evolutie van J-domain proteins, eiwitten die betrokken zijn bij kwaliteitscontrole tijdens eiwitsynthese en vouwing.

Een brede BioSB-community

Met een programma vol presentaties over uiteenlopende onderwerpen liet BioSB 2026 opnieuw de breedte van het vakgebied zien. Van digitale tweelingen en kunstmatige intelligentie tot microbiomen, plantenmodellen, multi-omics en onderzoeksinfrastructuren: de conferentie bracht onderzoekers uit verschillende disciplines samen om kennis en resultaten te delen.

De combinatie van plenaire lezingen, parallelle sessies en ontmoetingen tussen onderzoekers vormde opnieuw de basis voor uitwisseling binnen de BioSB-community.