Home
Mini-Hackaton ontsluiten Bgz data voor onderzoek
Door Pim Volkert, coördinator klinische data architectuur Health-RI
In november 2024 vond een mini-hackathon plaats, georganiseerd door de werkgroep klinische data architectuur van Health-RI, met als doel de technische haalbaarheid en voordelen van het omzetten van klinische gegevens naar een gestandaardiseerd datamodel te demonstreren. Deze driedaagse hackathon, gehouden van 13 tot 15 november, bracht domeinexperts samen om te werken aan de omzetting van testdata van fictieve patiënten naar het OMOP Common Data Model (CDM), zowel rechtstreeks als via een OpenEHR omgeving.
Mini-Hackaton ontsluiten Bgz data voor onderzoek
Door Pim Volkert, coördinator klinische data architectuur Health-RI
In november 2024 vond een mini-hackathon plaats, georganiseerd door de werkgroep klinische data architectuur van Health-RI, met als doel de technische haalbaarheid en voordelen van het omzetten van klinische gegevens naar een gestandaardiseerd datamodel te demonstreren. Deze driedaagse hackathon, gehouden van 13 tot 15 november, bracht domeinexperts samen om te werken aan de omzetting van testdata van fictieve patiënten naar het OMOP Common Data Model (CDM), zowel rechtstreeks als via een OpenEHR omgeving.
Doel en Opzet van de Mini-Hackathon
Het primaire doel van de mini-hackathon was om de praktische haalbaarheid en voordelen van het omzetten van klinische gegevens uit de Basisgegevensset Zorg (BgZ) naar het OMOP CDM te demonstreren. Dit experiment was vooral gericht op informatie-technische aspecten en had als achterliggend doel inzicht te krijgen in het opzetten van een goede Proof of Concept (PoC) waarbij data uit een CumuluZ-omgeving bruikbaar wordt voor onderzoekers.
De hackathon was specifiek gericht op technische aspecten van het omzetten van klinische gegevens naar het OMOP CDM. Elementen die buiten de scope vielen, omvatten het gebruik van reële patiëntgegevens, integratie van gegevens uit andere bronnen dan de vier geselecteerde zibs uit de BgZ, en de implementatie in de praktijk van de omgezette data voor werkelijk onderzoek.
Werkwijze en Deelnemende Partijen
Tijdens de drie dagen werd in verschillende groepen gewerkt. Elke groep had de verantwoordelijkheid voor een specifieke taak, zoals de analyse van de aangeleverde datasets, de OpenEHR-transformatie en de OMOP-transformatie. De hackathon omvatte ook intermezzo’s zoals presentaties en keynotes die bijdroegen aan de kennisdeling en samenwerking. Omdat de hackathon met de HL7 Working Group Meeting gehouden werd vond er een goede uitwisseling plaats van kennis en contacten tussen de werelden van HL7 en die van onderzoekers.
Deelnemende partijen aan de hackathon waren onder andere Code24, Datahub Maastricht, EPAM, ErasmusMC, Health-RI, Intersystems, LUMC, MUMC+, MRDM, Nictiz, Odysseus | EPAM, Performation, Regio Zuid-Limburg, Santeon, The Hyve, UMCG, en UMCU. Deze organisaties brachten diverse expertises mee, variërend van OpenEHR platformen en data science tot FHIR-OMOP tooling en klinisch modelleren5.
Resultaten en Bevindingen
De hackathon toonde aan dat het mogelijk was om BgZ data in FHIR STU3 formaat om te zetten naar OMOP CDM, hoewel er datadegradatie werd waargenomen en variaties in datasetinhoud werden ontdekt. De datasets van verschillende ziekenhuizen werden vergeleken en er werd geconstateerd dat niet alle ziekenhuizen in staat waren om de gevraagde FHIR data aan te leveren.
Een belangrijke bevinding was dat OpenEHR archetypes naar OMOP CDM gemapt kunnen worden en dat dergelijke mappings formeel beheerd moeten worden. Er zijn verdere stappen nodig om formele en beheerde mappings te realiseren en een Proof of Concept (PoC) met CumuluZ uit te voeren om gezondheidsdata om te zetten naar onderzoeksdata7.
Vergelijking van Datasets
Vooraf was gevraagd datasets met specifieke specificaties aan te leveren. De extractie moest voldoen aan de gegevensspecificaties van BgZ MSZ 2017 en alle vereiste data-elementen zoals beschreven in BgZ MSZ 2017 moesten minimaal aanwezig zijn in de extractie. Er werden datasets aangeleverd door zowel Epic als Chipsoft ziekenhuizen. Hierbij bleek al snel dat het niet iedereen was gelukt om de FHIR interface aan te spreken. Chipsoft ziekenhuizen hadden de BgZ in HL7-CDA formaat of CSV formaat uitgeleverd en niet in het gevraagde FHIR-formaat.
OpenEHR en OMOP CDM
De hackathon toonde aan dat OpenEHR archetypes naar OMOP CDM gemapt kunnen worden. Deelnemers werkten aan verschillende taken, zoals de analyse van de aangeleverde datasets, de OpenEHR-transformatie en de OMOP-transformatie. Een belangrijke bevinding was dat de observatieperiode, die nodig is voor OMOP, vaak ontbreekt in de BgZ data en dat kenmerken van het probleem of de diagnose, zoals de plaats van het lichaam en de ernst, niet gemakkelijk omgezet kunnen worden in OMOP.
Conclusie
De mini-hackathon van 2024 was een belangrijke stap in het verbeteren van de toegankelijkheid en bruikbaarheid van klinische data voor onderzoekstoepassingen. De resultaten toonden aan dat het mogelijk is om BgZ data om te zetten naar OMOP CDM, hoewel er nog uitdagingen zijn zoals datadegradatie en variaties in datasetinhoud. De hackathon benadrukte ook de noodzaak van standaardisatie en de beperkte mogelijkheden van bestaande tools om bepaalde problemen te detecteren zonder computationele specificaties.
De hackathon was een succesvolle demonstratie van de technische haalbaarheid en voordelen van het omzetten van klinische gegevens naar een gestandaardiseerd datamodel. De resultaten zullen bijdragen aan toekomstige ontwikkelingen binnen Health-RI netwerk.
Prestentatie op Youtube: https://youtu.be/HA9vnyhUHmI?si=DHiGdAEki7pr3UL_